細胞検索ひろば操作マニュアル

1. 細胞検索ひろばについて

1.1. 細胞検索ひろばでできること

【検索対象を絞った検索】

細胞名で目的の細胞を検索
　* 細胞の種々情報 (概要、由来生物種、由来組織、病歴、性別、関連論文など)を取得できます。
　* 対応する各細胞バンク（表1）より、細胞を購入することができます。
組織名で目的の細胞を検索
　* 細胞の種々情報 (概要、由来生物種、由来組織、病歴、性別、関連論文など)を取得できます。
　対応する各細胞バンク（表1）より、細胞を購入することができます。
疾患名で目的の細胞を検索
　・細胞の種々情報 (概要、由来生物種、由来組織、病歴、性別、関連論文など)を取得できます。
　・対応する各細胞バンク（表1）より、細胞を購入することができます。
これら以外にも、表2の他の項目を用いて、目的の細胞情報を取得することができます。

【日本語による検索】
　
肝臓と入力しても、liverに関連する細胞情報を取得できるなど、本サイトに登録された辞書データに基づき、日本語による検索が可能です。

細胞バンク

　国内、国外の6つの細胞バンクの情報を対象に検索をすることができます。

表 1. 検索対象とする細胞バンク
	細胞バンク名	サイトURL	運営機関
(1)	JCRB細胞バンク	https://cellbank.nibiohn.go.jp/cellsearch/	国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 JCRB細胞バンク
(2)	RIKEN BRC CELLBANK	https://cell.brc.riken.jp/ja/	理化学研究所バイオリソース研究センター細胞材料開発室
(3)	ATCC	https://www.atcc.org/cell-products/	ATCC (American Type Culture Collection)
(4)	ECACC	https://www.culturecollections.org.uk/products/celllines/generalcell/	ECACC (The European Collection of Authenticated Cell Cultures)
(5)	DSMZ	https://celldive.dsmz.de/	DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH
(6)	Cellosaurus	https://www.cellosaurus.org/search	SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

検索対象とするデータ項目

　・下記表のデータ項目は、6つの細胞バンクで共通するデータです。
　・表中のデータ項目以外に、JCRB細胞バンク独自のデータも登録しています。

表 2. 指定できるデータ項目
(1)	Cell name	細胞名
(2)	Profile	細胞の概要
(3)	Tissue	由来組織・臓器
(4)	Registration no.	各細胞バンクにおける登録番号
(5)	Disease	病歴
(6)	Species	由来生物種
(7)	Sex	由来生物の性別
(8)	Age	由来生物の年齢
(9)	Reference	論文情報(PubMed ID, タイトル、アブストラクト)

1.2. 検索結果の表示方法

2通りの方法で検索結果を表示することができます。

1.　細胞株ごとの検索結果

各細胞バンクIDごとの検索結果を表示します。トップ画面から検索を行うと、こちらの検索結果を表示します。
検索結果画面より、「Grouped by Cellosaurus ID」のオプションにチェックを入れずに、検索実行ボタンをクリックした際にも、こちらの結果を表示します。

2.　Grouped by Cellosaurus IDを指定した検索結果

検索結果をCellosaurus IDでまとめた形で表示します。検索結果画面より、「Grouped by Cellosaurus ID」のオプションにチェックを入れて、検索実行ボタンをクリックすると、Cellosaurus IDごとの検索結果を表示します。

2. 細胞検索ひろばの使い方

細胞検索ひろばでは、簡易的なキーワード検索、データ項目を指定した検索、条件を指定した詳細検索の3パターンの検索で、目的の細胞を探すことができます。

2.1. キーワード検索

検索窓にキーワードを入力して、細胞を検索します。
スペースで区切ることにより、複数語の検索が可能です。

2.1.1. 検索方法

検索窓にキーワードを入力します。
検索窓の左の黄色いプルダウンより、検索するデータ項目の指定を行います。指定を行わない場合はプルダウンの中の項目すべてを対象に検索を実行します。
検索窓の右側の緑のボタンをクリックして、検索を実行します。

2.1.2. 最も一般的な細胞名による検索方法の説明

　黄色いプルダウンの下のリンクをクリックすると、細胞名による検索方法の説明を表示します。

図 1. 検索トップ画面からの検索

2.2. データ項目を指定した検索

検索窓の左にある、黄色いプルダウンより、検索するデータ項目の指定をします。

図 2. 検索するデータ項目の指定

2.3. 条件を指定した詳細検索

　トップ画面の詳細検索ワード作成ボタンより、条件を指定して検索ワードを作成し、詳細検索を行うことが可能です。
詳細検索ワードを作成して検索を行う場合、黄色いプルダウンによる項目の選択は機能しません。

図 3. 詳細検索用の検索キーワード作成フォームを表示する

2.3.1. 詳細検索用の検索キーワード作成

例1: ヒトの女性の肝臓の細胞を検索したい場合
1. トップ画面の詳細検索ワード作成ボタンをクリックします。
2. ダイアログが表示されるので、条件を指定します。
3. データ項目の選択用のプルダウンから、Species / 由来生物を選択します。
4. 条件設定値の選択用のプルダウンから、human / ヒトを選択します。※1
5. 画面上部、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
6. データ項目の選択用のプルダウンから、Sex / 性別を選択します。
7. 条件設定値の選択用のプルダウンから、Female / 女性を選択します。
8. 画面上部、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
9. データ項目の選択用のプルダウンから、Tissue / 由来組織を選択します。
10. 検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。　検索形式は、equal / 完全一致、in / 部分一致、begins_with / 前方一致の3つから選択可能です。※2
11. 条件設定のテキストボックスに、liverと入力します。※1
12. 画面上部、AND / OR 切り替えボタンで、条件の繋がりをANDに設定します。
13. 検索ワード作成ボタンをクリックします。
14. ダイアログが閉じ、検索窓に検索キーワードが自動入力されます。

※1 条件設定値は、Species / 由来生物、Sex / 性別、Age / 年齢については、プルダウンより選択、その他のデータ項目の場合は、テキストボックスに入力する形式になります。
※2 検索形式は、Species / 由来生物、Sex / 性別、Age / 年齢については、equal / 完全一致のみになります。

図 4. ヒトの女性の肝臓の細胞を検索したい場合

例2: ヒトの肝臓の細胞の病歴(carcinoma とhepatoma)を複数指定して検索したい場合

<手順1>

トップ画面の詳細検索ワード作成ボタンをクリックします。
ダイアログが表示されるので、条件を指定します。
画面上部、赤色背景の「ルールの削除」をクリックします。
画面上部、緑色背景の「グループの追加」をクリックします。
1つ目のグループと、グループ内にルール設定フォームが自動作成されます。
データ項目の選択用のプルダウンからSpecies / 由来生物を選択します。
条件設定値の選択用のプルダウンから、human / ヒトを選択します。
グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
データ項目の選択用のプルダウンから、Tissue / 由来組織を選択します。
検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。　検索形式は、equal / 完全一致、in / 部分一致、begins_with / 前方一致の3つから選択可能です。
条件設定のテキストボックスに、liverと入力します。
グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
データ項目の選択用のプルダウンから、Disease / 病歴を選択します。
検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。
条件設定のテキストボックスに、carcinomaと入力します。
グループ内、AND / OR 切り替えボタンで、条件の繋がりをANDに設定します。　同一グループ内でANDとORを混在させることはできません。

図 5. ヒトの肝臓の細胞の病歴(carcinoma とhepatoma)を複数指定して検索したい場合 - 1つめの条件グループ作成

<手順2>

次に、画面上部の「グループの追加」をクリックし、2つ目のグループを作成します。　グループ内には、ルール設定フォームが自動作成されます。
データ項目の選択用のプルダウンからSpecies / 由来生物を選択します。
条件設定値の選択用のプルダウンから、human / ヒトを選択します。
グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
データ項目の選択用のプルダウンから、Tissue / 由来組織を選択します。
検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。　検索形式は、equal / 完全一致、in / 部分一致、begins_with / 前方一致の3つから選択可能です。
条件設定のテキストボックスに、liverと入力します。
グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
データ項目の選択用のプルダウンから、Disease / 病歴を選択します。
検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。
条件設定のテキストボックスに、hepatomaと入力します。
グループ内、AND / OR 切り替えボタンで、条件の繋がりをANDに設定します。
画面上部、AND / OR 切り替えボタンで、グループ間の繋がりをORに設定します。
検索ワード作成ボタンをクリックします。
ダイアログが閉じ、検索窓に検索キーワードが自動入力されます。

図 6. ヒトの肝臓の細胞の病歴(carcinoma とhepatoma)を複数指定して検索したい場合 - 2つめの条件グループ作成

例3: ヒトの女性を対象に肝臓の細胞の病歴(carcinoma とhepatoma)を複数指定して検索したい場合
1. トップ画面の詳細検索ワード作成ボタンをクリックします。
2. ダイアログが表示されるので、条件を指定します。
3. データ項目の選択用のプルダウンから、Species / 由来生物を選択します。
4. 条件設定値の選択用のプルダウンから、human / ヒトを選択します。
5. グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
6. データ項目の選択用のプルダウンから、Sex / 性別を選択します。
7. 条件設定値の選択用のプルダウンから、Female / 女性を選択します。
8. グループ内、橙色背景の「ルールの追加」をクリックします。
9. データ項目の選択用のプルダウンから、Tissue / 由来組織を選択します。
10. 検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。　検索形式は、equal / 完全一致、in / 部分一致、begins_with / 前方一致の3つから選択可能です。
11. 条件設定のテキストボックスに、liverと入力します。
12. 画面上部、緑色背景のグループの「追加をクリック」します。
13. データ項目の選択用のプルダウンから、Disease / 病歴を選択します。
14. 検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。
15. 条件設定のテキストボックスに、carcinomaと入力します。
16. グループ内の「ルールの追加」をクリックします。データ項目の選択用のプルダウンから、Disease / 病歴を選択します。
17. 検索形式の選択用のプルダウンから、in / 部分一致を選択します。
18. 条件設定のテキストボックスに、hepatomaと入力します。
19. グループ内、AND / OR 切り替えボタンで、条件の繋がりをORに設定します。
20. 画面上部、AND / OR 切り替えボタンで、ルール、グループの繋がりをANDに設定します。
21. 検索ワード作成ボタンをクリックします。
22. ダイアログが閉じ、検索窓に検索キーワードが自動入力されます。

図 7. ヒトの女性を対象に肝臓の細胞の病歴(carcinoma とhepatoma)を複数指定して検索したい場合

2.3.2. 検索の実行

詳細検索ワード作成が完了すると、検索窓に詳細検索用の検索ワードが自動で入力されます。
検索実行ボタンをクリックします。

2.4. 検索結果画面における操作

2.4.1. 再検索

　検索結果画面の上部にある検索フォームから、トップ画面の検索窓と同じように検索が可能です。

検索キーワード (検索窓)
検索項目の指定 (黄色いプルダウン)
詳細検索ワードの作成 (詳細検索ワード作成ボタン)

図 8. 検索結果画面から詳細検索を行う場合

2.4.2. 集計情報による絞り込み

検索結果画面の左に、項目ごとの集計値を表示します。こちらの結果を利用して検索結果を絞り込むことが可能です。
チェックボックスにチェックを入れると、指定された条件で絞り込んだ結果を画面右側の検索結果に表示します。
チェックボックスのチェックを外すと、絞り込みを解除します。
集計情報は、件数(カッコ内に記載)の多い上位5件を表示します。6件目以降を表示するには、プラスのアイコンをクリックします。
Grouped by Cellosaurus ID検索では、Cellosaurusの情報で集約した結果を表示します。集約情報の細胞バンクが全てCellosaurusとなるため、細胞バンクによる絞り込み機能を提供していません。

図 9. 検索フォーム、集計情報による絞り込み検索

2.4.3. ページ送り、表示件数の切り替え機能

ページ送り、および1ページ当たりの表示件数を変更する機能があります。

2.4.4. 簡単な操作方法説明

はてなのアイコンをクリックすると、操作マニュアルの該当箇所に遷移します。
操作説明ボタンをクリックすると、検索のヒントとなるチュートリアル動画の設置ページを表示します。

2.4.5. 検索トップ画面へのリンク

画面左上の細胞検索ひろばの文字をクリックすると、検索トップ画面へ遷移します。

図 10. 検索結果画面における操作

2.4.6. 検索結果の並べ替え機能

細胞名、組織名のそれぞれで、A-Z順、Z-A順に並べ替えをすることが可能です。
検索結果の初期状態から、並べ替えアイコンをクリックすると、A-Z順に並べ替えが実行されます。▲の並べ替えアイコンが表示されます。
▲の並べ替えアイコンをクリックすると、Z-A順に並べ替えが実行されます。▼の並べ替えアイコンが表示されます。
並べ替えリセットボタンをクリックすると、検索結果の初期状態の表示に戻ります。

図 11. 検索結果の並べ替え

3. 検索結果の見方

細胞株ごとの検索結果、 Cellosaurus IDを指定した検索結果により、表示項目が異なる箇所があります。

3.1. 細胞株ごとの検索結果

画面右上部の、Grouped by Cellosaurus ID のチェックボックスにチェックが入っていない場合は、細胞株ごとの（Grouped by Cellosaurus ID の指定なし）検索結果を表示します。+ 　

3.1.1. 検索結果リスト

細胞名、細胞番号、由来組織、由来生物種、Cellosaurus ID(該当するものがある場合)が表示されます。
Cellosaurus IDをクリックすると、それぞれのCellosaurus IDに対応する各細胞バンクの該当する細胞のページに移行し、細胞情報を表示します。
各細胞の結果をクリックすると、細胞の詳細情報を展開して表示します。それぞれの行の細胞バンク名のところをもう一度クリックすると、対象の細胞バンクの細胞情報を表示します。

図 11. 細胞株ごとの検索結果画面-1

3.1.2. 細胞詳細情報

各細胞の結果をクリックすると、細胞詳細情報を表示します。
各細胞のカード右上のバンク名のリンクをクリックすると、該当の細胞バンクのページを別タブで表示します。
Reference / 論文情報をクリックすると、論文情報を表示します。(論文情報の登録がない場合は、Referenceの文字を表示しません。)

3.1.3. 論文情報

テーブルを、PubMed IDの降順で表示します。
テーブルのヘッダ項目をクリックすると、PubMed IDは数値として、Title, Journal Informationは文字として、それぞれ並べ替えて表示します。
テーブル項目内のPubMed IDをクリックすると、PubMedの該当ページを別タブで表示します。

図 12. Grouped by Cellosaurus ID を指定しない検索の結果画面-2

3.2. Grouped by Cellosaurus ID 検索の結果

画面右上部の、Grouped by Cellosaurus ID のチェックボックスにチェックを入れて検索すると、Cellosaurus IDでまとめた検索結果を表示します。

3.2.1. 検索結果リスト

細胞名、細胞番号、由来組織、由来生物種、Cellosaurus ID(該当するものがある場合)を表示します。
各細胞グループの結果をクリックすると、Cellosaurus IDで集約した細胞の詳細情報を展開して表示します。

図 13. Grouped by Cellosaurus ID 検索の結果画面 -1

3.2.2. 細胞詳細情報

各細胞グループの結果をクリックすると、細胞詳細情報を表示します。Cellosaurusの情報は緑色の背景、それ以外の細胞バンクの情報は青色の背景で表示します。
各細胞のカード右上のリンクをクリックすると、該当の細胞バンクのページを別タブで表示します。
Reference / 論文情報をクリックすると、論文情報を表示します。(論文情報の登録がない場合は、Referenceの文字を表示しません。)

3.2.3. 論文情報

テーブルを、PubMed IDの降順で表示します。
テーブルのヘッダ項目をクリックすると、PubMed IDは数値として、Title, Journal Informationは文字として、それぞれ並べ替えて表示します。
テーブル項目内のPubMed IDをクリックすると、PubMedの該当ページを別タブで表示します。

図 14. Grouped by Cellosaurus ID 検索の結果画面 -2

検索結果は、メールまたはURLをクリップボードにコピーすることにより、共有することができます。

4.1. メールによる共有

画面右上部の、矢印様のアイコンをクリックします。メーラーが開き、メール本文に検索結果のURLが自動で貼付されます。

図 15. 検索結果の共有 - メールによる共有 -

4.2. URLコピーによる共有

画面右上部の、クリップボード様のアイコンをクリックします。ポップアップが開き、クリップボードに検索結果のURLがコピーされます。

図 16. 検索結果の共有 - URLコピーによる共有 -

細胞検索ひろば 操作マニュアル